Ulteriori indicazioni operative relative al rischio di diffusione di nuove varianti SARS-CoV2

Ulteriori indicazioni operative relative al rischio di diffusione di nuove varianti SARS-CoV2

Integrazione dei dati di genotipizzazione e indagine rapida per la valutazione della prevalenza della variante SARS-CoV-2 VOC202012/01

Genotipizzazione
Facendo seguito a quanto indicato nelle circolari n. 644 dell’08/01/2021“Indicazioni operative relative al rischio di diffusione di nuove varianti SARS-CoV2 in Unione europea/Spazio Economico Europeo (UE/SEE): misure di prevenzione per i viaggiatori e sorveglianza di laboratorio”, e n. 3787 del 31/01/2021 “Aggiornamento sulla diffusione a livello globale delle nuove varianti SARSCoV-2, valutazione del rischio e misure di controllo”, è emersa la necessità di valutare la diffusione delle varianti SARS-CoV-2 sul territorio nazionale.

Integrazione dei dati di genotipizzazione nel sistema di Sorveglianza Integrata ISS
Il sistema di Sorveglianza Integrata ISS dei casi di infezione da virus SARS Cov2, coordinato dall’ISS ai sensi dell’Ordinanza n 640 del 27/02/2020, a partire dal 06/02/2021, raccoglie le seguenti nuove informazioni sui casi con diagnosi di infezione da SARS-Cov-2:
1) se è stata effettuata la genotipizzazione,
se si,
2) per quale motivo (scelta random del campione/viaggio in zone con alta incidenza di varianti/focolaio/contesti ad alto rischio/reinfezione/soggetto vaccinato/amplificazione negativa del gene S/altro- specificare),
3) la data di genotipizzazione,
4) se è stato sequenziato l’intero genoma (NGS) o parte di esso (Sanger gene S “spike”),
5) se è stata individuata una delle tre varianti di interesse (UK, sudafricana, brasiliana),
6) il codice GISAID (“Global Initiative on Sharing All Influenza Data”), se disponibile.

Indagine rapida per stima prevalenza diffusione VOC202012/01
Per stimare la diffusione della variante VOC202012/01 è stata disegnata un’indagine rapida coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità in collaborazione con le Regioni e PPAA ed in particolare con i laboratori da queste ultime identificati. L’indagine si svolge in due giorni consecutivi. Il numero di campioni che ogni Regione/PPAA deve sequenziare viene calcolato in base al numero di nuovi positivi riportati nel giorno immediatamente precedente all’indagine. La metodologia è descritta in dettaglio nella nota tecnica riportata in Allegato.